境界確定訴訟は、不明な公法上の境界（＝筆界）を確定するものであり、この意味での境界は国のみが定めるのであって、関係当事者間の合意によって定めることはできません。
したがいまして、仮に当事者が境界について合意をしていても、裁判所は、それに拘束されずに、独自に境界を確定することができます。
もっとも、裁判所は、当事者の合意がまったく意味がないとしているわけではなく、境界確定のための一資料として考慮することは認めています。
また、その合意が成立するに至った事情や内容によっては、所有権界についての合意として効力が認められたり、それが公法上の境界と一致しないときは、土地の一部を譲渡する合意がされたと解釈されたりします。
