法務局で筆界特定がされた場合に、その結果に不服な当事者は、裁判所に境界確定訴訟を提起して、境界の位置を再度争うことができます（逆に、先に境界確定訴訟を提起した後に筆界特定手続を申し立てることもできます）。
筆界特定がされた境界について境界確定訴訟が提起された場合は、通常、裁判所からの嘱託に応じて法務局から筆界特定手続の一件記録が裁判所に送付され、審理の資料に供されます（不動産登記法１４７条）。
後の境界確定訴訟の判決により筆界特定手続の結果と異なる位置が境界線と認定された場合は、判決が優先します（不動産登記法１４８条）。
ただし、これは境界確定の判決が出た場合のことで、和解で所有権の範囲について筆界特定で認められた境界線と異なる合意をしても筆界特定の結果は覆らないことに注意を要します（この点は、後日、分筆登記等をする時に障害になります）。
